A Anpei é administrada por uma Diretoria composta por 15 membros: um presidente, um vice-presidente e 13 diretores.

A Gerente Executiva é indicada pela Diretoria e responde ao presidente. Sob sua responsabilidade estão o planejamento, a execução e o controle das estratégias relacionadas aos projetos e trabalhos técnico-administrativos.

O corpo técnico e os setores administrativo e contábil respondem ao gerente executivo. A Associação conta ainda com um corpo de assessores formado por ex-presidentes e vice-presidentes.

O Conselho Fiscal é integrado por representantes das empresas e entidades associadas, e o Conselho Superior é constituído por representantes do cenário empresarial e tecnológico do Brasil e do exterior.
Confira o estatuto.